学校坚持以学科建设为龙头，构建了以工学为主，经济学、管理学、文学、法学、艺术学、理学等协同发展的学科体系。现有“十三五”江苏省重点培育学科2个，重点建设学科5个南京工程学院研究生，服务国家特需项目专业硕士学位点2个，“工程学”学科进入ESI全球排名前1%，为全省同类高校唯一。硕士研究生招生规模持续较快增长，培养模式成效显著，建有全国工程专业学位研究生联合培养示范基地1个，江苏省优秀研究生工作站4个，江苏省优秀研究生课程2门，获江苏省研究生教育改革成果奖3项，研究生获“全国工程硕士实习实践优秀成果获得者”4人南京工程学院研究生，数量稳居全国同类院校首位。学校建有国家级电力仿真与控制中心、国家级博士后科研工作站、国家级技术转移示范机构、国家级企业技术中心、国家级众创空间等国家级学科科研平台5个，江苏省配电网智能技术与装备协同创新中心、江苏省机器人与系统集成军民融合创新平台、江苏省智能制造装备工程实验室、江苏省氢燃料电池汽车产业研究中心等省级学科科研平台20个，先后获江苏省科技工作先进单位、江苏省知识产权贯标示范高校、江苏省技术转移工作先进集体和南京市智能制造产业知识产权运营中心等称号。2020年获批省部级以上项目133项，省部级及国家直管行业科技奖22项，获江苏省科技服务业“百强”机构和技术转移工作创新奖。