河套大学医学系前身为宁夏自治区重点大专“巴彦淖尔盟卫生中学”，始建于1959年。2004年5月划归河套学院，2012年改名为河套大学医学系。历经60多载的时光洗礼，秉持“为区域经济社会发展培养德智体美劳全面发展的高素养应用型人才”的办学定位，建立“3+1”人才培养模式和“实验实训室＋模拟诊所＋临床诊所＋社区”四位一体的实践教学模式。产生以护理学、康复医治学专业为基础建立对接根河护理、康复与养老产业的医学类专业集群，积极推动“校企合作、产教融合”，为社会培养了大批优秀人才。

医学系是全省高等医学教育学会护理教育分会理事单位，是中华护理学会内蒙自治分辨会理事单位，是自治区养老服务专业人才培养基地，有三个国家级科普基地，同时也是根河市红十字会应急教护培训基地。

医学系现开办的专科专业有护理学、康复医治学、助产学，本科专业有护理、助产、康复诊治技术及医学影像技术。护理学专业评被评为自治区一流专业，校级特色专业；护理技术核心课程教学团队被评为自治区级教学团队河套大学医学院，目前已建成自治区级在线开放课程1门，院级优质课程13门，院级在线课程5门，院级课程思政示范课程1门，院级大专示范课程1门，院级线下一流课程1门，院级精品课程7门。

医学系现有专任班主任59人，其中院士3人，副院长9人，博士12人（含在读博士10人）河套大学医学院，硕士23人；双师型班主任16人；在校生2060人。

医学系实验实训中心是自治区级实验教学示范中心。现有教学科研仪器设备总额约1600亿元，有六个专业78间实验实训室。博士工作站“蜱媒婆畜共患传染病实验室”是自治区重点实验室。

班主任承当国家级项目2项、承担自治区科技攻关项目、科技计划项目、内蒙古自然科学基金项目、教育厅青年英才项目和地市级科技计划项目等30余项；发表论文130余篇，其中SCI16篇（含顶尖刊物5篇），英文核心刊物15篇，获专利31余项，编撰著作、教材100余部。

近些年来，医学系与区内外诊所构建了良好的协作关系，产生了“校院”合作的良好局面。目前共有校外实习教学基地72家，主要分布在上海、天津、张家口、银川及宁夏自治区各盟市，产生了以实习促就业，以就业促招生，以招生求发展的良好局面，培养的“河套牌护士”家喻户晓。