清光绪四年（1878年），美国基督教卫理公会兴化年会与美国卫理公会传教士谢希恩在城香坊巷共同创办培元书院。这是兴化第一所新学校。光绪二十四年（公元1898年），学校更名为培元西学堂，迁至城厢区仓后巷。美国传教士蒲星担任院长（校长）。光绪三十三年，培元学校更名为哲学中学。光绪十八年（公元1892年）莆田二中初中部，美国基督教卫理公会兴化年会在城官坊巷设立福音书院，教授《圣经》、四书、教会历史的阅读。民国三年（1914年），福音书院更名为兴化道校。民国22年，即1933年，与哲学中学合并。 1948年，福建省莆田二中前身莆田哲学中学迎来建校70周年。时任国民政府副主席李宗仁为学校写贺信。国民政府行政院院长孙科、立法院副院长、司法院院长王崇辉、行政院副院长吴铁城、国防部长何应钦、代部长教育 陈云平、美国驻华大使司徒雷登等为莆田哲学中学题词祝贺。学校还开展了丰富多彩的庆祝活动——《福建省莆田二中建校130周年纪念册》——一段不平凡的历史，一个开放的传统。莆田二中学校档案馆。 1952年，学校由莆田县政府接管，更名为莆田第二中学。黄宜三任校长。孟进、林文范先后担任党委书记。 1949年后留学之路，学校蓬勃发展，修建了理科楼、教法楼（东风楼、胜利楼）等，扩建了运动场，分为上、中、下三部分。师生人数逐年增加，教学质量不断提高。新中国成立前十七年（1949-1966）共培养高中毕业生3000余人，相当于建国前70年的总人数（1879-1949）。学校成绩斐然，社会声誉良好。

1948年，福建省莆田二中前身莆田哲学中学迎来建校70周年。时任国民政府副总统李宗仁为学校亲笔贺词，国民政府行政院院长孙科亲临图画——“福建省莆田第二中学”建校130周年纪念小册子——非凡的历程和开放的传统。莆田二中校内档案：1956年被评为福建省重点中学。 1950年之前，师生每年组织下乡考察，支持农民学以致用。这拓宽了他们的视野并为他们提供了培训。受到农民的欢迎，社会的好评。 “文化大革命”期间，莆田二中校址被侵占。 1969年，莆田二中被迫关闭。 20世纪70年代初，关心教育的有识之士纷纷呼吁。 1970年代初，迁至莆田市城厢区西郊杨梅山，并重建。 1973年，黄黄溪调入莆田二中，负责校园重建工作。一片杨梅田上，师生们齐心协力，几经艰苦奋斗，校园从小到大，从简陋到完整，并迅速恢复，后来居上。经过十余年的重建，校园占地64亩，建筑面积14000多平方米。依山而建，绿树红花错落有致。与老校区相比，新校区场地更大，风景优美，地处市区，安静。是师生教学、生活的天堂。福建省政府和社会力量的关心支持是学校在此期间快速发展不可忽视的因素。 2005年3月，学校搬迁至莆田市鲤城区西天尾镇西白村新校区。学校占地233.7亩莆田二中初中部，可容纳5000人。所有学生均已住宿。

拥有教学楼13259平方米（90间教室）、学生宿舍26500平方米（500间）、图书馆3170平方米、办公楼4800平方米、实验楼6635平方米、综合楼7800平方米，交易中心2956平方米。平方米，食堂5500平方米，健身房56 00平方米，标准游泳池1个，淋浴房550平方米，篮球场16个，雨淋跑道1120平方米，人工湖景观2000多平方米，1个标准体育场、配电室等附属设施。项目总建筑面积近8万平方米，教育教学设备全部按要求配置，总投资约1.6亿。 1926年，闽中第一个混合党团支部在莆田二中（初中哲学中学）成立。富有哲理的“十烈士”载入闽中中国共产党史册。参军学生众多，其中中将2人，少将8人。他们被称为“哲学十大将军”。