哈佛大学360多年的历史，是一部发展与变革互相推进的历史。 创建后一个半世纪的哈佛学院，一直是以英国的牛津、剑桥两所大学为模式，以培养牧师、律师和官员为目标，注重人文学科，学生不能自由选择课程。19世纪初，高等教育课程改革的号角在哈佛吹响了，崇尚"学术自由"和"讲学自由"。"固定的学年"和"固定的课"的老框框受到冲击，自由选修课程的制度逐渐兴起。在哈佛学院也有人倡议实行课程选修制度，这种革新的要求遭到传统的保守势力的反对，倡议在哈佛未得实现。

然而美国哈佛校训，高等教育要适应社会发展的需要，适应学生个性的呼声日益高涨。1839年，哈佛大学再次发动课程改革。1841年，哈佛正式实行选课制，但在保守势力的反对下很快又有所倒退。

19世纪60年代，美国爆发了南北战争。南北战争为美国资本主义的发展开辟了道路，生产力突飞猛进，科学技术工作者的地位逐步提高，工程师、自然科学家和工业技术人才得以和律师、官员等并驾齐驱。形势的变化对高等学校的课程改革十分有利，选修制再次兴起，哈佛又一次走在了改革的前列。

1869年，年仅35岁的埃里奥特担任哈佛大学校长，此后他担任校长40年，是推行选课制的主将，在他的领导和推动下，哈佛大学全面实行选修制。到1895年，只有英语和现代外语仍为必修课，其它均为选修课。美国许多高校纷纷步哈佛大学后尘，减少或废除必修课，增加选修课。

按照自由选修制的要求，攻读一种学位，可有16门课程供学生选修，只要符合规定，便可取得相应的学位。这种方法打破了固定的四年学制，成绩优异者三年内即可取得相应的学位，可称得上是"不拘一格降人才"了。在埃里奥特的努力下，哈佛大学招聘名流学者任教，选修课程开设超过其它大学，学生的知识面扩大，学习潜能得以充分发挥。埃里奥特的教育思想和课程改革对美国高等教育的发展具有深远影响，他强调高等学校要给予学生三个法宝:一是给学生学习上选择的自由;二是使学生在所擅长的学科上有施展才能的机会;三是使学生的学习从被动的行为转化为自主的行为，使学生从对教师的依赖和从属关系中解放出来。

1909年，洛厄尔出任校长，他在保留自由选课制优点的前提下又提出了新的教改方案，从1914年起，实行"集中与分配"制。所谓"集中"，是指从16门可供选择的课程中，必须选修6门本系的专业课，以保证重点;所谓"分配"，是指另外的6门课程从3个不同的知识领域中各选两门，以保证学生具有比较广泛的知识面。余下的课任学生自由选择。这种制度既保证专业课学习的深度，又能扩大学生的视野，也可给学生的个人爱好留下适当的余地。

1933年，化学家科南特担任校长，他励精图治，于1940年主持成立专门委员会，研究课程改革。经过5年的反复研究，提出了专门报告，主张加强普通教育。哈佛大学按照专门报告的建议，又作了5年实验，在1951年正式推行"普通教育"制度。按照普通教育制度的规定，第一，一、二年级的学生，要从自己所在的系中选修6门专业课，再从人文、社会、自然三大类别的普通教育课中各选一门，共3门课，另外还需从其他系的课程中至少选3门;第二，三、四年级也设有普通教育课，没有学过一、二年级普通教育课的，不得选修三、四年级的普通教育课;第三，攻读硕士和博士学位的学生可以选修一部分三、四年级的普通教育课;第四，学生不得选修属于同一个考试组的两门课。这样做，普通教育和专业教育结合的很紧密，而且先后有序，互相衔接。这种办法吸取以前制度的优点，加以综合美国哈佛校训，形成了以通讯教育为基础，以集中与分配为指导的自由选修制度。哈佛大学学生成绩的计分方法一般有四种:第一，按A、B、C、D、E五级计分，A为最高分;第二，及格和不及格;第三，满意和不满意;第四，有学分和无学分。